Наиболее известными сооружениями Феодосии являются памятники средневековья: отдельные башни (Св. Константина, Доковая, Круглая, Фомы) и остатки цитадели генуэзской крепости (фрагменты стен и хорошо сохранившиеся башни Криско и Климента IV). Также к средневековым памятникам относят армянские храмы Иоанна Предтечи, Святого Сергия (в основу архитектурной композиции здесь положен прямоугольник с алтарным выступом и полукруглым сводом, в стены церкви вделано множество плит с надписями на армянском языке), Святого Георгия, архангелов Михаила и Гавриила (здание сложено из местного бутового камня, увенчано изящным куполом на восьмигранном барабане, дата постройки — 1408 год), возле которого находился Армянский фонтан.
Единственное сохранившееся мусульманское культовое сооружение со времен владычества Османской империи это мечеть Муфтий-Джами, которая была построена в 1623 году. Стены мечети сложены из больших тесаных камней. Мечеть неоднократно переделывали. По деталям, которые уцелели от первоначальной постройки, можно заключить, что в архитектурном решении сказалось влияние византийских образцов и школы выдающегося турецкого зодчего Синана.